As Unidades de Proteção Integral buscam preservar a natureza em sua totalidade, permitindo apenas o uso indireto dos seus recursos naturais - ou seja, aquele que não envolve consumo, coleta nem dano a estes recursos: recreação em contato com a natureza, turismo ecológico, pesquisa científica, educação e interpretação ambiental, entre outras.
As categorias de UCs de proteção integral são: estação ecológica, reserva biológica, parque, monumento natural e refúgio de vida silvestre.
As Unidades de Uso Sustentável, por sua vez, têm como objetivo compatibilizar a conservação da natureza com o uso sustentável dos recursos, conciliando a presença humana nas áreas protegidas. Nesse grupo, atividades que envolvem coleta e uso dos recursos naturais (madeira, óleos essenciais, frutos, pescado, etc.) são permitidas, mas desde que praticadas de uma forma a manter os recursos ambientais renováveis e processos ecológicos.
As categorias das unidades de conservação de uso sustentável são: área de relevante interesse ecológico, floresta nacional (Flona), reserva de fauna, reserva de desenvolvimento sustentável (RDS), reserva extrativista (Resex), área de proteção ambiental (APA) e reserva particular do patrimônio natural (RPPN).